Selain Indonesia, Filipina juga tak setuju dengan berdirinya Negara Federasi Malaysia.
Kemudian, melalui konferensi Tingkat Menteri Luar Negeri di Manila, Filipina pada 7-11 Juni 1963, Menlu ketiga negara mencapai kesepakatan soal pembentukan Negera Federasi Malaysia. Ketegangan pun mereda.
Namun hubungan kembali memanas karena PM Tuanku Abdul Rahman menandatangani dokumen pembentukan negara federasi Malaysia dengan Inggris.
Naskah itu ditandatangani di London, Inggris pada 9 Juli 1963. Dalam naskah, disebut Negara Federasi Malaysia akan dibentuk pada 31 Agustus 1963, bertepatan dengan ulang tahun kemerdekaan Malaya yang ke-6.
Langkah Malaysia mengganggu hubungan ketiga negara dan rencana pertemuan puncak Konferensi Tingkat Tinggi di Manila pada pertengahan Juli 1963.
Namun tak berhenti di situ, Malaysia kembali melanggar kesepakatannya dengan Indonesia dan Filipina, tentang penyelesaian rencana pembentukan negara federasi Malaysia yang akan ditangani oleh PBB.
Pemerintah Malaysia keburu memproklamasikan berdirinya Negara Federasi Malaysia pada 16 September 1963. Padahal, hasil penyelidikan belum diumumkan secara resmi oleh PBB.
Suasana pun makin memanas. Di Malaysia dan Indonesia, sama-sama terjadi demonstrasi besar-besaran.
Bahkan, Puncaknya, Pada 7 Januari 1965, Malaysia diterima sebagai anggota tidak tetap Dewan Keamanan PBB. Soekarno pun menarik Indonesia dari PBB pada tanggal 20 Januari 1965.