Namun, ada juga sengketa maritim intra-Asean di Laut China Selatan, selain dengan China.
Misalnya, Jakarta dan Manila pada tahun 2014 menandatangani perjanjian untuk menyelesaikan perselisihan atas ZEE mereka yang tumpang tindih.
Sedangkan pada tahun 2009 Malaysia dan Vietnam membuat pengajuan bersama kepada Komisi Batas Landas Kontinen untuk mengklarifikasi posisi dan batasan hukum atas klaim mereka.
Yang juga perlu diperhatikan adalah putusan Mahkamah Internasional tahun 2008 yang menyelesaikan perselisihan selama puluhan tahun atas pulau-pulau kecil di Selat Singapura, dengan kedaulatan atas Pedra Branca ke Singapura dan Middle Rocks ke Malaysia.
Ben Bland, direktur Program Asia Tenggara di lembaga pemikir yang berbasis di Sydney, Lowy Institute, mengatakan: "Vietnam dan Indonesia saat ini terlibat dalam pembicaraan untuk menjelaskan ZEE mereka, dan kesimpulan yang berhasil dari negosiasi ini akan membantu mengurangi ketegangan."
Joko Susanto, direktur eksekutif Proyek Indonesia Berkembang, mengatakan minat Vietnam dalam penangkapan ikan di Laut Natuna Utara dimotivasi oleh ekonomi dan bukan oleh klaim "historisisme subjektif atau hak tradisional”.
“Hal ini mencegah Indonesia mengalami krisis kepercayaan yang serius (atas Vietnam),” kata Joko, yang juga mengajar strategi maritim dan geopolitik maritim di Universitas Airlangga di kota Surabaya, Indonesia.
Dia mengatakan "Sikap non-kooperatif China dalam menanggapi Unclos dan keputusan pengadilan" telah menurunkan tingkat kepercayaan sebagian besar orang Indonesia terhadap niat baik Beijing dalam menghormati kedaulatan Indonesia atas Kepulauan Natuna.
Basilio Dias Araujo, asisten wakil menteri keamanan dan ketahanan maritim di Kementerian Koordinator Bidang Kemaritiman dan Investasi, mengatakan kapal asing dapat masuk ke ZEE negara karena kawasan itu tidak dipantau dengan baik.
Ditambahkannya, selain illegal fishing, juga ada nuansa politis pada kehadiran mereka, “terutama Vietnam karena masih ada sengketa batas laut ZEE (dengan Indonesia), sedangkan dengan China, adalah upaya China untuk terus menguasai sumber daya di semua wilayah dunia ”.