Pejabat militer Korsel mengatakan pria itu diinterogasi saat berada di dalam air selama beberapa jam dan menyatakan keinginannya untuk membelot.
Namun pria tersebut dibunuh setelah ada "perintah dari atasan".
Mereka juga mengatakan tentara Korut menuangkan minyak ke tubuh korban dan membakarnya.
Di sisi lain, Pyongyang menyatakan perangkat apung pejabat itu dibakar sesuai dengan peraturan darurat virus corona.
Dalam pernyataan pada Jumat, KCNA mengatakan bahwa sejak saat itu Korut telah mencoba yang terbaik untuk mengambil mayat pejabat tersebut dari perairan.
Namun, mereka mengakui usahanya tidak berhasil dan mengungkapkan penyesalan mereka.
Para pengamat mengatakan Korut berusaha menenangkan Korsel setelah insiden penembakan tersebut.
Insiden itu adalah pertama kalinya Korut membunuh seorang warga negara Korsel dalam 10 tahun terakhir.
Namun, sentimen itu kembali bergema pada Jumat.
"Kami tidak ingin melihat terulangnya preseden yang tidak menyenangkan di mana insiden yang tidak disengaja menyebabkan hubungan utara-selatan menjadi bencana. Ini adalah pendirian kami," kata KCNA.