Ia bergabung dengan Pasukan Pembela Tanah Air (PETA) sebagai seorang anggota perang bentukan Jepang kala masih menduduki Indonesia.
Namun saat awal kemerdekaan Indonesia, Sukendro bergabung dengan BKR (sebelum TNI) di divisi Siliwangi.
Di sanalah Nasution menemukan Sukendro, seorang anggota tentara yang lain dari pada pasukan yang ada.
Cara berpikir dan kemampuan analisa Sukendro di atas rata-rata perwira tentara lainnya kala itu.
Bahkan kepandaiannya dalam hal keprajuritan membawanya diangkat menjadi Asintel I KSAD.
Saat AH Nasution menjabat menjadi Kepala Staff Angkatan Darat.
Pada 1957, saat perwira-perwira daerah resah dengan kebijakan Jakarta dan berniat menuntut opsi otonomi, Sukendro – tentunya atas perintah Nasution – menggelar operasi intelijen.
Orang-orangnya masuk ke daerah dan menginfiltrasi pola pikir para perwira di daerah.
Hasilnya, saat suasana memuncak, praktis hanya komandan di Sumatra (PRRI) dan Sulut (Permesta) yang menyatakan diri berpisah dari Indonesia.
Lainnya, menarik dukungannya dan tetap dalam kibaran Merah Putih.