Sekeluarnya dari Kopassus, Agus sempat bergabung dengan Resimen Tjakrabirawa atau Pasukan Pengawal Presiden RI Soekarno.
Dijelaskan dalam buku 'Bagimu Negeri, Jiwa Raga Kami' karya Bob Heryanto Hernoto, Agus kemudian ditarik Benny Moerdani untuk bergabung di unit intelijen Kostrad.
Sejak itulah, Agus melanjutkan karier militernya di dunia intelijen.
Mengutip dari Kompas.com, Agus dan Benny lalu bergabung dengan Operasi khusus (Opsus) yang dipimpin oleh Ali Moertopo.
Keduanya bertanggung jawab langsung kepada Presiden Soeharto. Di dalam Opsus, Agus menjadi orang kepercayaan Ali dan Benny.
Bahkan, siapa pun yang ingin bertemu dengan Ali dan Benny harus melalui Agus, sehingga muncul ungkapan "Agus itu Opsus. Opsus itu Agus".
Di dalam Opsus Agus bertugas menjadi semacam Komandan Detasemen Markas atau Dandenma yang mengatur segala hal terkait operasi-operasi opsus.
Dia juga terlibat dalam berbagai operasi Opsus di Irian Barat dan Timor Timur.
Terima Bintang Sakti
Agus juga sempat mendapat penghargaan Bintang Sakti dari pemerintah setelah ada kesaksian akan keberaniannya ketika berhadapan dengan tentara Belanda saat ditawan.