Hal tersebut berdampak pada jutaan rakyat miskin yang kehilangan mata pencahariannya.
Beberapa jam sebelum Duterte memberikan perintah tembak itu, sekitar 20 orang dari permukiman kumuh Manila ditangkap polisi.
Mereka menggelar aksi protes dengan menuduh pemerintah Filipina gagal menyediakan bantuan bagi kalangan miskin.
"Perintah saya kepada polisi dan militer, jika terjadi ketegangan dan nyawa kalian terancam, tembak mati saja perusuh itu," kata Duterte, Kamis (2/4/2020) dikutip dari Kompas.com.
"Dari pada kalian menyebabkan masalah, lebih baik saya mengirim kalian ke pemakaman," kata presiden yang berjuluk The Punisher itu.
Dia melontarkan ancaman tersebut setelah Manila melaporkan wabah virus corona semakin memburuk meski lockdown telah berlangsung selama dua pekan.
Saat ini, Filipina melaporkan adanya 2.311 kasus infeksi penyakit bernama Covid-19 itu, dengan 96 di antatanya dinyatakan meninggal.
Pemerintah menyatakan, mereka baru saja memulai peningkatan tes sehingga angka penularan karena Covid-19 diperkirakan terus bertambah.
Duterte, yang berkuasa pada 2016, dikenal karena perkataan tajam dan tindakan kontroversialnya dalam memerangi peredaran narkoba.
Tetapi, oposisi menuding perang anti-narkoba mantan Wali Kota Davao hanya menyasar kalangan bawah, dengan orang kaya dan berkuasa tak tersentuh.