Ia kemudian digantikan oleh Jose Ramos Horta pada Mei 2007 silam, dan menjadi Perdana Menteri Timor Leste saat itu.
Belum genap 10 tahun setelah melepaskan diri dari Indonesia, Timor Leste mengalami peristiwa kelam, menciptakan sejarah internasional lainnya.
Di usia jabatannya yang baru menginjak 9 bulan, Presiden Timor Leste saat itu, Jose Ramos Harto diserang oleh pasukan pemberontak di Timor Leste.
Dilansir dari Wikipedia, Para prajurit pemberontak Timur Leste menyatroni rumah Presiden dan Perdana Menteri Timor Leste pada 11 Februari 2008.
Membuat penembakan dan luka serius pada Presiden Jose Ramos Horta, menembak mobil Perdana Menteri (PM) Xanana Gusmao, dan penembakan fatal pemimpin pemberontakan Alfredo Reinado.
Aksi tersebut mengakibatkan Timor Leste menyatakan status darurat di negaranya selama beberapa bulan.
Keadaan darurat ini melarang Timor Leste berbagai macam aksi unjuk rasa dan mewajibkan diberlakukannya jam malam.
Melansir artikel Kompas.com edisi (14/2/2008), Beberapa pemberontak berlompatan keluar dari 2 kendaraan dan menyemburkan timah panas dari senjata mesinnya saat menyergap kediaman Presiden Timor Leste Ramos Horta di Dili, Senin, (11/2).
"Penghianat! Penghianat!" teriak pasukan pada Ramos Horta.
Seorang pengawal Ramos Horta berhasil menewaska pimpinan pemberontak Alfredo Reinado.