Dari pertemuan inilah Silas bertekad untuk memerdekaan Papua dan bergabung dengan Republik.
Langkah awal Silas untuk mewujudkan niatnya tersebut adalah dengan mendirikan Partai Kemerdekaan Indonesia Irian (PKII) pada November 1946.
Dari PKII inilah peran penting Silas dan kawan-kawan di dalam partai yakni untuk menumbuhkan dan membesarkan benih nasionalisme dalam wilayah NKRI.
Namun pada saat itu karena tekanan terhadap warga Papua dari pihak Belanda sangat besar, Silas dan PKII bergerak secara bawah tanah.
Melalui gerakan bawah tanah inilah jumlah anggota PKII semakin lama semakin bertambah.
Dilansir dari website resmi Badan Intelejen Negara, anggota PKII pada tahun 1949 memiliki jumlah yang mencapai 4000 orang.
Karena keberanian Silas Papare untuk berjuang dan mendirikan PKII ini terendus oleh pihak Belanda, akhirnya ia dipenjara di Biak, namun tak lama ia melarikan diri dari penjara tersebut.
Oktober 1949 di Yogyakarta, Papare mendirikan Badan Perjuangan Irian dalam rangka membantu pemerintah Republik Indonesia untuk memasukkan wilayah Irian Barat ke dalam wilayah NKRI.
Selang 3 tahun kemudian, pada 1951 Silas Papare membentuk Kompi Irian 17 di Markas Besar Angkatan Darat.