Ibnu Sutowo kemudian menjadi direktur utama kurun waktu 1968-1976.
Dilansir dari Tribunjambi.com yang mengutip dari id.wikipedia.org, Harian Indonesia Raya pimpinan Mochtar Lubis pada 30 Januari 1970 memberitakan bahwa simpanan Pria kelahiran Yogyakarta itu mencapai Rp 90,48 miliar (kurs rupiah saat itu Rp 400/dolar).
Atas dugaan inilah kemudia Presiden Suharto membentuk tim yang bernama Komisi Empat untuk menyelidiki dugaan korupsi di Pertamina.
Tim ini menghasilkan laporan yang menyimpulkan terjadinya beberapa penyimpangan.
Tahun 1975, Pertamina jatuh krisis, kemudian pada 1976 Ibnu mengundurkan diri sebagai Dirut.
Kala ditinggal Ibnu Sutowo, Pertamina dalam kondisi utang US$ 10,5 miliar.
Setelah tidak menjadi direktur utama Pertamina, Ibnu Suwoto masuk ke PT Golden Mississippi.
Pada 1973, Tirto Utomo, yang merupakan bawahan Ibnu, sedang membuat produk air mineral kemasan dengan merek Aqua.
Kala itu belum ada perusahaan air mineral di Indonesia.