Setelahnya, ia pindah tugas ke Pemprov dan menjabat sebagai Kepala Biro KDH dan KLN DKI Jakarta pada 2013.
Melansir dari Kompas.com, jabatan tersebut kemudian membuat Heru semakin dekat dan akrab dengan Jokowi yang saat itu masih menjabat sebagai Gubernur DKI Jakarta.
Hingga akhirnya ia ditunjuk Jokowi sebagai Wali Kota Jakarta Utara pada 2014.
Namun, jabatan tersebut hanya ia emban selama setahun.
Heru pun kembali ke Pemprov DKI Jakarta dan menjadi Kepala Badan Pengelola Keuangan dan Aset Daerah pada 2015.
Kiprah Heru di Pemprov DKI Jakarta pun mendekatkannya kepada pejabat-pejabat penting.
Selain Jokowi, Heru juga dekat dengan Basuki Tjahaja Purnama alias Ahok yang pernah menjabat sebagai Wakil Gubernur dan Gubernur DKI Jakarta.
Saking dekatnya dengan Ahok, Heru bahkan sempat nyaris diajak sebagai calon Wakil Gubernur DKI Jakarta di Pilkada 2017.
Namun, hal itu batal terlaksana karena Ahok tak jadi maju jalur independen.
Memilih maju lewat partai, Ahok akhirnya disandingkan dengan Djarot Saiful Hidayat.
Kendati demikian, pada 2017 ia mendapat jabatan tak kalah mentereng.
Usai Jokowi menunjuknya sebagai Kepala Sekretariat Presiden RI di Istana Negara.