Selepas Indonesia merdeka, ia sempat bertugas sebagai Kepala Jawatan Kesehatan Tentara se-Sumatra Selatan (1946-1947).
Pada tahun 1955, Ibnu Sutowo diangkat sebagai Panglima Tentara Teritorial II Sriwijaya.
Dua tahun menjabat Panglima TT-II Sriwijaya, pada 1957 atas penunjukan A.H Nasution (saat itu KSAD) untuk mengelola PT Tambang Minyak Sumatra Utara (PT Permina).
Kemudian tahun 1968, Permina dan perusahaan minyak milik negara lainnya dilebur enjadi satu dan berubah nama menjadi Pertamina.
Ibnu Sutowo kemudian menjadi direktur utama kurun waktu 1968-1976.
Maulana Indraguna Sutowo, Suami Dian Sastro jadi sampul majalah Forbes
Dilansir dari Tribunjambi.com yang mengutip dari id.wikipedia.org,Harian Indonesia Raya pimpinan Mochtar Lubis pada 30 Januari 1970 memberitakan bahwa simpanan Pria kelahiran Yogyakarta itu mencapai Rp 90,48 miliar (kurs rupiah saat itu Rp 400/dolar).
Atas dugaan inilah kemudia Presiden Suharto membentuk tim yang bernama Komisi Empat untuk menyelidiki dugaan korupsi di Pertamina.
Tim ini menghasilkan laporan yang menyimpulkan terjadinya beberapa penyimpangan.
Tahun 1975, Pertamina jatuh krisis, kemudian pada 1976 Ibnu mengundurkan diri sebagai Dirut.